Od 1 lutego bieżącego roku podatnicy, których obroty przekroczyły w 2024 r. kwotę 200 mln zł mają obowiązek wystawiania faktur wyłącznie poprzez Krajowy System e-Faktur. W kwietniu 2026 do tego grona dołączą pozostali podatnicy (czynni i zwolnieni z VAT), natomiast z początkiem 2027 roku, obowiązek obejmie również najmniejsze, wykluczone cyfrowo podmioty. Co istotne, obowiązek wystawiania faktur w KSeF obejmuje jedynie transakcje krajowe w relacjach B2B, a więc faktury na rzecz konsumentów, bądź przedsiębiorców zagranicznych w dalszym ciągu można będzie wystawiać i przesyłać w „tradycyjnej” formie.
Co jeśli jednak kontrahent nie zastosuje się do obowiązku i wystawi nam fakturę z naruszeniem reżimu obowiązkowego KSeF? Nowe przepisy spowodowały falę wątpliwości, czy otrzymanie faktury poza państwowym systemem będzie niosło za sobą negatywne konsekwencje dla odbiorcy. Na łamach niniejszego artykułu rozwiejemy te wątpliwości.
Faktura wystawiona poza KSeF a prawo podatnika do odliczenia podatku naliczonego VAT
Prawo podatnika do odliczenia podatku VAT naliczonego reguluje art. 86 ust. 1 ustawy o VAT. Zgodnie z tym przepisem, podatnik czynny VAT ma prawo do odliczenia podatku naliczonego, jeżeli zakup towaru lub usługi ma związek z czynnościami opodatkowanymi VAT-em i w danej sytuacji zastosowania nie znajdują przepisy szczególne, np. art. 88 ustawy o VAT, który wyłącza możliwość odliczenia. W przypadku nabycia towaru lub usługi prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego powstaje nie wcześniej niż w rozliczeniu za okres, w którym powstał obowiązek podatkowy w odniesieniu do nabytych towarów i usług a podatnik otrzymał fakturę.
Jak to się ma do obowiązkowego KSeF? Nad tym zagadnieniem pochylił się Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej w interpretacji indywidualnej z dnia 13 stycznia 2026 r. (sygn. 0114-KDIP1-3.4012.804.2025.1.JG). Zauważył w niej, że przepisy w zakresie prawa do odliczenia posługują się ogólnym terminem „faktury”. Pod tym terminem należy rozumieć zarówno fakturę ustrukturyzowaną (KSeF-owską) jak i fakturę tradycyjną – elektroniczną bądź papierową. Oznacza to, że jeżeli dokument spełnia definicję ustawową faktury (dokument jest poprawny pod względem materialnym i prawnym, a w szczególności spełnia wymogi z art. 106e ustawy o VAT), to podatnikowi będzie przysługiwać prawo do odliczenia podatku naliczonego z faktury wystawionej poza KSeF, a prawo do odliczenia pojawi się w rozliczeniu za okres, w którym otrzymamy fakturę poza systemem, np. mailem lub pocztą.
Możliwość rozpoznania kosztu podatkowego na podstawie faktury wystawionej poza KSeF
W przypadku podatków dochodowych organy podatkowe również dokonują wykładni przepisów korzystnych dla podatników, czego przykładem jest interpretacja indywidualna z dnia 3 lutego 2026 r. o sygn. 0111-KDIB1-2.4010.2.2026.1.EWJ.
1 stycznia br. do Dyrektora KIS wpłynął wniosek o wydanie interpretacji indywidualnej w następującym stanie faktycznym: spółka z o.o. mająca siedzibę w Polsce nabywa towary i usługi od kontrahentów mających siedzibę na terytorium Polski. Zakupione towary i usługi będą spełniają wymogi określone w art. 15 Ustawy CIT, tj. wydatki będą stanowiły koszty poniesione w celu osiągnięcia przychodów ze źródła przychodów lub w celu zachowania albo zabezpieczenia źródła przychodów i nie będą kosztami wyłączonymi z kosztów uzyskania przychodów na podstawie art. 16 ust. 1 ustawy CIT. Niektórzy spośród kontrahentów spółki – wnioskodawcy podlegają od początku tego roku obowiązkowi wystawiania faktur poprzez KSeF. W związku z tym, spółka zadała pytanie, czy jeśli kontrahent nie dopełni obowiązku w zakresie wystawienia faktury w ramach Krajowego Systemu e-Faktur, to czy spółka dokonująca zakupu będzie uprawniona do zaliczenia wydatku do kosztów uzyskania przychodów na podstawie faktury wystawionej poza systemem (np. w formie faktury papierowej bądź elektronicznej). Dyrektor KIS potwierdził twierdzące stanowisko wnioskodawcy i uargumentował swoją wykładnię przepisów w następujący sposób:
Organ wskazał, że zgodnie z art. 15 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, aby podatnik mógł zaliczyć wydatek do kosztów podatkowych, musiał on:
- być poniesiony w celu osiągnięcia przychodów ze źródła przychodów lub w celu zachowania albo zabezpieczenia źródła przychodów,
- mieć charakter bezzwrotny (definitywny),
- zostać właściwie udokumentowany,
- nie być wymieniony w art. 16 ust. 1 ustawy o CIT.
Dyrektor KIS zaznaczył, że ustawa o podatku dochodowym od osób prawnych nie została znowelizowana pod kątem obowiązkowego KSeF-u, co oznacza, że reżim obowiązkowego fakturowania poprzez ten system nie ma znaczenia dla możliwości zaliczenia wydatki do kosztów uzyskania przychodu. Dokumenty takie jak faktura papierowa lub elektroniczna (nieustrukturyzowana) są podstawowym i wystarczającym dowodem do uznania wydatku za koszt podatkowy. W związku z tym, jeżeli koszt poniesiony przez podatnika spełnia łącznie warunki z pkt 1-4 oraz został prawidłowo udokumentowany, nawet z pominięciem obowiązków wynikających z ustawy o podatku VAT, to podatnik ma prawo rozpoznać koszt podatkowy.
Podsumowanie
Biorąc pod uwagę, że do końca 2026 r. obowiązuje okres abolicji – braku kar za wystawianie i przesyłanie faktur z pominięciem Krajowego Systemu e-Faktur, takie zjawisko ma powszechny charakter. Na szczęście organy podatkowe przyjęły korzystną dla podatników interpretację przepisów podatkowych, więc błędy kontrahentów nie ograniczają prawa nabywców do odliczenia podatku naliczonego i rozpoznania kosztu podatkowego.
