Nadpłata VAT po wyroku sądu – czy przedawnienie zamyka drogę do zwrotu?

Prawomocne uchylenie niekorzystnej interpretacji podatkowej często daje podatnikom nadzieję na odzyskanie nienależnie zapłaconego podatku. Najnowsze orzecznictwo pokazuje jednak, że taki scenariusz nie zawsze jest możliwy. Wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 8 stycznia 2026 r. (I FSK 240/23) przypomina, że nawet korzystne rozstrzygnięcie sądu nie uchyla rygorów przedawnienia zobowiązań podatkowych.

Spór o nadpłatę VAT – tło sprawy

Sprawa dotyczyła spółki, która stosowała się do niekorzystnej interpretacji indywidualnej dotyczącej rozliczenia podatku VAT. W konsekwencji przez kilka lat odprowadzała podatek w sposób wynikający z tej interpretacji, jednocześnie kwestionując jej prawidłowość przed sądami administracyjnymi.

Po kilku latach postępowania sądowego interpretacja została prawomocnie uchylona. Spółka uznała więc, że zapłacony wcześniej podatek był nienależny i złożyła w 2021 r. wniosek o stwierdzenie i zwrot nadpłaty VAT za I–III kwartały 2015 r.

Organ podatkowy odmówił jednak wszczęcia postępowania w tej sprawie, powołując się na art. 165a § 1 Ordynacji podatkowej. Wskazał, że zobowiązania podatkowe za sporne okresy uległy przedawnieniu z końcem 2020 r., a zatem złożenie wniosku o nadpłatę po tej dacie było bezskuteczne.

Stanowisko sądów administracyjnych

Stanowisko organu podatkowego zostało podzielone zarówno przez wojewódzki sąd administracyjny, jak i przez Naczelny Sąd Administracyjny.

NSA podkreślił, że uchylenie interpretacji indywidualnej w postępowaniu sądowoadministracyjnym nie wpływa na bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Oznacza to, że spór dotyczący interpretacji i procedura dotycząca nadpłaty podatku funkcjonują w praktyce niezależnie od siebie.

Zgodnie z art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej zobowiązanie podatkowe przedawnia się co do zasady po upływie pięciu lat, licząc od końca roku, w którym powstał obowiązek podatkowy. Po upływie tego terminu – na podstawie art. 79 § 2 Ordynacji podatkowej – wygasa również prawo podatnika do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty.

W konsekwencji po przedawnieniu zobowiązania nie jest już możliwe korygowanie jego wysokości, nawet jeśli zmiana byłaby korzystna dla podatnika.

Konflikt dwóch zasad systemu podatkowego

Wyrok NSA dobrze pokazuje napięcie między dwiema istotnymi instytucjami prawa podatkowego. Z jednej strony podatnicy mogą korzystać z ochrony wynikającej z interpretacji indywidualnych, które mają zapewnić pewność prawa i bezpieczeństwo rozliczeń. Z drugiej strony obowiązują sztywne terminy przedawnienia, które mają gwarantować stabilność systemu finansów publicznych.

W praktyce może to prowadzić do sytuacji, w której podatnik – stosując się do interpretacji w celu uniknięcia sankcji – płaci podatek, który później okazuje się nienależny. Jeżeli jednak spór sądowy dotyczący interpretacji zakończy się już po upływie terminu przedawnienia, odzyskanie zapłaconego podatku staje się niemożliwe.

Wnioski praktyczne dla podatników

Orzeczenie NSA potwierdza restrykcyjne podejście do instytucji przedawnienia w sprawach podatkowych. Dla przedsiębiorców oznacza to konieczność bardzo uważnego monitorowania terminów wynikających z Ordynacji podatkowej.

Podatnik, który prowadzi spór dotyczący interpretacji indywidualnej, powinien równolegle analizować, czy nie zachodzi potrzeba wcześniejszego złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty – jeszcze przed upływem terminu przedawnienia zobowiązania. Samo prowadzenie sporu przed sądami administracyjnymi nie zatrzymuje bowiem biegu tego terminu.

Wyrok z 8 stycznia 2026 r. jest więc ważnym sygnałem ostrzegawczym: nawet korzystne rozstrzygnięcie sądu nie zawsze pozwoli odzyskać nadpłacony podatek, jeśli wniosek o nadpłatę zostanie złożony po upływie ustawowego terminu. W sporach podatkowych czas okazuje się często równie istotny jak sam wynik postępowania.